在水稻生产实践中，随着种植年限的增加，水稻优良品种不再优良，出现退化现象。水稻优良品种退化的主要原因是： 

（1）机械混杂。播种、插秧、收获、脱谷、装运、贮藏等一系列过程中，不按或不认真执行良种生产操作规程，使繁育的品种混入了其他品种的种子，造成机械混杂。 

（2）生物学混杂。水稻通常存在0。2%-0。3%的天然异交率。不同品种相邻种植，相邻部分植株的异交率可上升到1%以上。特别在低温和过湿的气候条件下，花药开裂不畅，散粉时间拉长，天然异交率更高，以致群体出现生物学混杂，破坏了原品种的纯一性。 

（3）基因突变、分离。就单一性状而言，基因突变的频率通常是很低的。但基因数量很多的，从整体看毕竟还是会出现少数的变异。分离主要是指微效基因的分离。目前生产上推广的水稻品种大多数是杂交育成的品种，表面上看其纯度已符合要求，但还可能存在某些细微的分离。经过几个世代的种植，因微效基因的分离而出现性状表现程序不同的个体。此外，从外地新引进的品种，由于生态条件的改变，导致品种内个体间表型的差异，引起品种混杂退化。 

（4）选种留种方法不正确。留种时没有按照优良品种的各种典型性状去杂去劣。例如，仅仅考虑单株优势，分蘖力强，穗大粒多等，而这些恰恰在此时又可能是具有杂种优势的杂合株。多代之后，品种的丰产性就会退化变劣。